防水工程是設置綠屋頂時受到最多人關注的議題，因為綠屋頂需要噴灌澆水，擔心是否會造成下方建築的漏水、壁癌等後遺症。
植物根部亂竄也可能造成屋頂結構的破壞，植物分泌的根酸也是會造成屋頂結構的侵蝕，因此必須使用具有斷根性(阻根性)的防水工法。
依藍山的經驗，只推薦「具有厚度、延展性的斷根防水毯」
防水毯的斷根性主要的原理為：
1.化學性：本身材質為植物所不喜，如瀝青防水毯。
2.物理性：強韌而能抗拒根系的穿透，如TPO防水毯、PVC防水毯。
施作時防水毯需有足夠的重疊。
落水頭、排水孔是防水最容易失敗的地方，因為水管與水泥是兩種不同的材質，容易在接縫處發生龜裂而造成防水失敗。
將防水材料做到排水孔裡面，是防水工程最基本的常識，但卻常常被忽略！
凡是防水超過二年以上的屋頂，施作綠屋頂之前都建議要重新做過防水工程。
但是藍山也遇過屋頂明明是才剛剛完成防水工程，卻已經發生龜裂失效的情形，這是施工品質不良的問題，所以不能以新舊程度來判斷是否需要重做，建議可以先做「閉水試驗」進行測試。
原則上不推薦「塗抹施工」的防水工法，例如PU、彈性水泥、FRP及高分子聚合物等防水工法，主要的原因是
